Após seu mandato, que durou de 2009 a 2012, Nilson Urbano ocultou documentos que seriam necessários para a gestão seguinte prestar contas de repasses de recursos federais. Os documentos incluem processos licitatórios e de execução de contratos com Ministério dos Esportes, Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE) e Ministério do Turismo.
A ação do Ministério Público Federal denuncia ainda que Nilson Urbano deixou de apresentar as contas relativas a um contrato com o FNDE. O convênio previa aquisição de um veículo para o transporte escolar, teve seu prazo final de prestação de contas encerrado em 2011, dentro da gestão do ex-prefeito, mas a exigência legal não foi atendida, mesmo o então chefe do Executivo tendo sendo notificado da irregularidade.